藤县，秦以前属百越地。秦属桂林郡，秦末汉初属南越王国。汉为苍梧郡，汉永平十四年（71年），置鄣平县，旧治今属藤县境。
三国吴置丰城县，治辖今县地。与鄣平县同隶苍梧郡
西晋改丰城县为农城县，仍隶苍梧郡。东晋时，农城县更名丰城县。升平五年（年），丰城县改隶永平郡。义熙（—年）中，又于今县东浔江南、北流江东岸置夫宁县，亦隶永平郡。
南朝齐将旧治今属岑溪县西北之永平郡迁治夫宁县（即今藤县东浔江南、北流江东岸）。
南朝梁又析出广州永平郡置石州，亦治夫宁县。石州因之又成为今县地地方最高行政建制之始。时领永平、建陵、阴石、桂平等4个郡。南朝陈领永平、永业、梁德、建陵、永建5个郡。其中，永平郡领夫宁、叔安、庐平、员乡、苏平、逋宁、雷乡、开城、毗平、武林、丰城等11个县，治辖今藤县地的依旧为夫宁、丰城等县。陈末，丰城县废入建陵郡安基县。
隋开皇九年（年），石州改为藤州。（另说县南百里有白藤岭，又称白藤山，山上生长白藤，又称紫藤。开皇十二年以藤之名改石州为藤州）。次年，藤州增划辖戎城县。十一年（年），永平邵废，夫宁县改为永平县，隶藤州。十九年（年）。置淳人县，旧治今属藤县西北。隶藤州。大业三年（年），藤州废改为永平郡。隋末，永平郡计辖永平、武林、隋建、安基、普宁、戎城、宁人、大宾、淳人、贺州等11个县。
唐武德四年（年），废永平郡置藤州，领县依旧。并复置辖孟陵县。武德七年（年），淳人县更名感义县，依旧隶藤州。贞观三年（年），藤州析出大宾县改隶燕州。五年（年），又于今县西北太平析置宁风县，隶燕州。七年（年），藤州又析出武林县改隶浔州；析出安基县改隶由燕州更名之泰州，宁风县则为泰州治；普宁县改隶容州。次年，藤州析出孟陵县改隶梧州。同年，泰州复名燕州，并迁治安基县。十二年（年），藤州又析出隋建县改隶龚州。十八年（年），燕州废，安基、宁风因此改隶藤州。二十二（年），安基县改名安昌县，贞观后，析出永平县改隶昭州，并省废隋建，贺州、宁人等县置镡津县，旧治今属县东北浔江南。北流江东岸。天宝元年（年），藤州改为感义郡。至徳二年（年），安昌县又更名义昌县。次年，感义郡复改为藤州。唐末，藤州计辖镡津、感义、义昌、宁风等4个县，治镡津县。五代先属楚，后周属南汉。
宋开宝五年（年），宁风、感义、义昌等3个县废省人镡津县。镡津县依旧为藤州治，并于开宝（—年）中迁旧治今属藤县县城。熙宁四年（年），藤州划辖原隶南仪州之岑溪县。宋末，藤州实领镡津、岑溪两县。
元属藤州镡津县，隶湖广行省；至正（—）末隶湖广行中书省。
明洪武二年（年）九月，镡津县废省入藤州。同年十月，藤州改隶梧州府。次年五月，藤州降改为藤县。
清藤县属梧州府。
民国二年（年），藤县隶属郁江道。次年六月，藤县改隶苍梧道。十六年（年），藤县改隶广西省。十九年（年），藤县隶属苍梧民团区。二十一年（年）四月，藤县改隶梧州民团区。二十三年（年）三月，藤县改属梧州行政监督区。二十九年（年）三月，藤县改属第三行政督察区。三十七（年）九月，藤县划出樟树乡改隶蒙山县，并以眉河河流中心线为蒙山县与藤县之县界，上自白马旁起，下至情眉岭河止，右岸属藤县，左岸归蒙山县。
年11月29日，藤县解放。治藤城镇，属梧州专区。年7月9日，藤县改属容县专区。年7月19日，藤县改属梧州专区。同年8月，藤县析出三堡区（包括蚊塘、蒙圩、大冻、南峒、安山、合水、平坡、三堡、屏山、荔河、六田、车河、河林、美术、新安、双门、付孙、三合、坡塘、都目等20个乡），划归岑溪县管辖。年11月，藤县改属梧州地区。年4月，梧州地区、梧州市行政区划调整，藤县归梧州市管辖至今。